После уничтожения Оротимару Саскэ сформировал собственную команду, получившую название Хэ́би , и объявил, что её цель — убийство Итачи. В неё вошли:

Суйгэцу Ходзуки — ниндзя Селения Тумана, бывший подопытный, виртуозно владеющий гигантским мечом;
Карин — руководить одной из баз Оротимару, способная видеть чакру, хотя и не обладающая бякуганом;
Дзюго — бывший заключённый, первоисточник проклятой печати, экспериментируя на котором, Оротимару создал свою метку.

Саскэ, так долго мечтавший об уничтожении брата, получил от Итачи (с помощью теневого клона) сообщение о том, где они смогут встретиться один на один — в одной из бывших баз клана Учии. Перед началом боя Итачи рассказал младшему брату о том, что в ночь уничтожения клана ему помогал Мадара Учия — выживший основатель Конохи, и первый обладатель мангэке шарингана. Во время битвы Итати пытался использовать сначала Цукуёми, а затем Аматэрасу против младшего брата, однако тому с большим трудом и используя проклятую печать Оротимару удавалось избежать серьёзных ранений. Тогда Итачи использовал свою самую мощную технику — Сусаноо. Но в процессе битвы, из-за потери контроля проклятой печати, из тела Саскэ появился Оротимару со своей техникой в виде вомьмиголового змея. Тем не менее Итати, используя Сусаноо и легендарный меч Тоцука, удалось убить Саннина, тем самым удалив проклятую печать с шеи Саскэ. После этого Итати направился к обессиленному брату, как казалось Саскэ, чтобы извлечь его глаза для овладения вечным мангэкё, однако старший брат лишь щёлкнул младшего пальцами по лбу, как это делал в детстве, и упал замертво. Битва закончилась, наблюдавший за ней со стороны Зэцу не мог поверить своим глазам — Итачи, пусть даже и сражавшийся не в полную силу, мёртв. Обессиленный Саскэ также потерял сознание.

Саскэ пришёл в себя в одной из баз Акацуки, пещере, рядом с Тоби, изъявившем желание рассказать об Итати правду. Попытавшись представиться, он снял свою маску, однако левый глаз Саскэ неожиданно активировался, направив на Мадару Аматэрасу, которое, тем не менее, не причинило ему никакого вреда. Тоби объяснил, что это защита, которую, по всей видимости вместе с другими техниками, Итачи оставил младшему брату. Выяснилось, что Итачи уничтожил клан по прямому приказу руководства Конохи — Дандзо, Хомуры и Кохары, при том, что Третий Хокагэ выступал против. Клан замышлял государственный переворот, и для предотвращения ещё большего кровопролития Итачи было приказано истребить всех Учий. Более того, Итачи искренне любил своего брата, и заботился о безопасности жителей деревни, ради чего и пошёл на эту миссию. Для себя он решил, что умрёт именно от рук Саскэ, и именно поэтому сохранил ему жизнь и заставил младшего брата ненавидеть его, тем самым делая сильнее. Он продумал их бой до мелочей — избавив брата от проклятой печати Оротимару, он передал все свои техники через прикосновение пальцами.